Đến lúc này thì tất cả các lực lượng bất mãn với chính phủ Ngô Đình Diệm đã đoàn kết thành một khối coi chính phủ Ngô Đình Diệm là độc tài, gia đình trị, phân biệt tôn giáo, không thể chấp nhận được cho miền Nam Việt Nam. Cuộc đấu tranh chính trị lan rộng sang cả khối học sinh, sinh viên, tiểu thương, trí thức và các lực lượng khác. Chính phủ Ngô Đình Diệm đã mất hết đồng minh trong nước và quốc tế. Dư luận thế giới và cả Hoa Kỳ đều phản đối chính phủ Việt Nam Cộng hòa đã đàn áp Phật giáo.

Việc chính phủ Ngô Đình Diệm bất lực trong đấu tranh chống Cộng sản, lại mất uy tín trong nước và đồng thời làm méo mó hình ảnh thế giới tự do trong chiến lược toàn cầu chống cộng sản của Hoa Kỳ tất yếu sẽ làm Hoa Kỳ phải xem xét lại quan hệ với chính phủ này. Ngày 20 tháng 8 năm 1963 chính phủ dùng vũ lực tấn công Phật giáo thì ngay hôm sau Hoa Kỳ cử đại sứ mới là Cabot Lodge đến Sài Gòn với chính sách hoàn toàn mới đối với chính phủ Ngô Đình Diệm. Các lãnh đạo Quân lực Việt Nam Cộng hoà liên hệ với các lực lượng chính trị bất mãn và các giới chính trị và tình báo Hoa Kỳ để tham khảo một giải pháp loại bỏ chế độ độc tài của anh em Diệm – Nhu – Cẩn.

Ngày 1 tháng 11 năm 1963, Quân lực Việt Nam Cộng hoà đã làm đảo chính thành công lật đổ chính phủ Tổng thống Ngô Đình Diệm, giết chết Tổng thống Ngô Đình Diệm và cố vấn Ngô Đình Nhu, sau đó mở phiên toà xử tử cố vấn Trung phần Ngô Đình Cẩn. Cuộc đảo chính này chấm dứt nền Đệ Nhất Cộng hoà của miền Nam Việt Nam.

Sau đảo chính, chính quyền Sài Gòn chẳng những không ổn định mà trái lại càng khủng hoảng trầm trọng: “Tình trạng Việt Nam cộng hoà còn tồi tệ hơn hồi chính quyền Diệm: Kinh tế suy sụp, vật giá leo thang, tiền sụt giá so với Mỹ kim, nạn thất nghiệp, đầu cơ trích trữ và tham nhũng gia tăng”. Đảo chính và phản đảo chính diễn ra liên tục. Theo thú nhận của chính quyền Sài Gòn: “Trong vòng ba tháng sau đảo chính, Việt Cộng nổi dậy khắp nơi. Tỉnh Kiến Hoà phải rút đi 51 đồn bót, mất 15 xã. Ở miền Trung từ Phan Thiết trở ra trong vòng hai tháng sau đảo chính, 2200 ấp chiến lược trong tổng số 2700 ấp chiến lược hoàn toàn bị tan tác[2].

Tổng số 4248 ấp chiến lược ở miền Nam thì có 3915 ấp bị phá hẳn. Trong phúc trình gửi Tổng thống Johnson ngày 16-3-1964, Mc. Mamara đưa ra một bức tranh bi thảm, hậu quả của cuộc đảo chính lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm: “Trong số đất đai của 22 tỉnh (trong 44 tỉnh), Việt Cộng kiểm soát tới 50% hoặc nhiều hơn thế. Phước Tuy, Việt Cộng kiểm soát 80%; Bình Dương 90%; Hậu Nghĩa 90%; Long An 90%; Định Tường 90%; Kiến Hoà 90%; An Xuyên (Cà Mau) 85%. Quận Mõ Cày và các xã Định Thuỷ, Bình Khánh, Phước Hiệp, “đỏ 100%”; trên 900 xã như trong trường hợp ba xã này... Sau đảo chính 1963, trong một thời gian ngắn, đường mòn Hồ Chí Minh trở thành một “xa lộ thênh thang”, thực hiện chỉ thị của Đảng: “Lấy phương thức vận tải cơ giới làm chủ yếu, kết hợp với phương thức vận tải thô sơ, vận dụng linh hoạt phương châm “đánh, phòng, tránh”. Trước đây, đoàn vận tải ô tô chỉ vào Khe Hó đổ hàng rồi từ đây dùng voi hay sức người chuyển vào Palin Thừa Thiên. Đầu năm 1964, các đoàn ô tô đã có thể đi tới điểm trạm ngã ba biên giới Kontum, số lượng vận tải tăng 40 lần so với năm trước, tỉ trọng vận tải cơ giới là 51%”[2].